Es importante señalar que en eras geológicas pasadas, casi toda la zona del altiplano estuvo ocupada por un gran paleolago que se formó en el Pleistoceno y que después de la era glaciar cubrió desde la zona del Titicaca hasta los actuales salares de Coipasa y Uyuni. El eje acuático del altiplano, con el lago Titicaca, los ríos Desaguadero, el lago Poopó y los salares, corresponde al desarrollo final de ese proceso que se inició hace millones de años. Estos paleolagos tuvieron una fuerte influencia en el clima y en las características físicas de esta región y en el origen de su biomasa.
En la época inicial de la presencia humana en esta región, los alrededores del eje acuático fueron el escenario de poblaciones que se instalaron allí atraídas por la flora y fauna locales. En el lago Titicaca, cerca de Tiwanaku, y en Santiago de Huata se encontraron en 2011 talleres líticos a cielo abierto de la época del Arcaico (Capriles y Albarracín, 2012) que se sumaron a los sitios de esta época encontrados en 2004 en la Isla del Sol (Stanish y Bauer) y que estaban considerados como los más antiguos de Bolivia.
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