Fin del período - Prestigio sin poder en Vilcabamba

Como vimos, en 1536 Manco Inca dejó el Cusco para refugiarse en la selva donde se sentía protegido y donde podía controlar a los caballos que al parecer eran lo que daba mayor ventaja en las batallas. En el terreno quebrado y vertical los jinetes harían menos daño. De este modo, se instaló con sus seguidores en Vilcabamba, a 20 o 25 leguas al norte del Cusco. Vilcabamba comprendió varios núcleos, construcciones y lugares sagrados levantados anteriormente y completados o ampliados por Manco y sus sucesores. Allí reinaba con la idea de resistir creando un gobierno paralelo.

Aunque en la historiografía tradicional se habla de un estado neoinca en Vilcabambamba, en verdad Manco tuvo que abandonar su propósito de vencer a los españoles debiendo conformarse con gozar de un prestigio religioso que aparentemente nunca perdió, pero que no estuvo acompañado por un dominio político efectivo. Desde allí, su gente hostigó constantemente y por largo tiempo a los vecinos del Cusco, atacando las caravanas que transitaban hacia Lima. El propósito de estas incursiones, entre otros, era adquirir armamento europeo; así pudo conseguir armas y formar un arsenal que utilizó en algún momento; también se sabe que incorporaron caballos en sus acciones (Vega, 1980). Con ello su capacidad de negociación era mayor.

En 1537, Almagro había intentado infructuosamente llegar a un acuerdo con el Inca aunque reiteradamente, algunos almagristas buscaron refugio en Vilcamaba. En 1539, Gonzalo Pizarro incursionó violentamente en el lugar en compañía de Paullu pero no logró apresar al Inca sino a varios de sus allegados, entre ellos a un hijo de Manco, el pequeño Tito Cusi que luego gobernaría desde Vilcabamba. A pesar de que en aquella intervención los españoles tomaron algunas reliquias de los incas, entre ellas la imagen solar, el éxito de la acción fue incompleto, pues perdieron hombres mientras que el reducto incaico se mantuvo con Manco a la cabeza. También capturaron a la mujer del Inca, Cura Ocllo, que fue sacrificada en Ollantaytambo.

En medio de las turbulencias de la época, los miembros de la sociedad colonial miraban siembre hacia Vilcabamba por diferentes razones. Fue el caso de Diego de Almagro el Mozo quien pretendió capitalizar a su favor a Manco y su gente, pero la iniciativa no prosperó. Más adelante, entre 1542 y 1543, el licenciado Vaca de Castro consideró necesario terminar con la resistencia de Vilcabamba; sin embargo, tampoco pudo llevar adelante sus planes debido a la llegada del primer virrey del Perú, Blasco Núñez Vela.

Manco y sus descendientes se mantuvieron en una región inaccesible a los españoles por casi cuarenta años en una suerte de exilio interior. A pesar de la estabilidad del Inca en Vilcabamba, no se puede afirmar que allí se hubiera establecido un nuevo estado incaico. Fue sobre todo una muestra de la resistencia indígena frente a la conquista y la colonización. Engañado por un grupo de almagristas, Manco Inca fue asesinado entre 1544 o 1545 y le sucedió su hijo Tito Cusi.