Fin del período - La derrota de los vencedores

Las pugnas por poder, riqueza y fama dividieron a los conquistadores al punto que llegaron a las armas. Como vimos anteriormente, las tensiones comenzaron cuando Almagro consideraba que su gobernación incluía el Cusco y partió al Collasuyu para reconocer lo que consideraba sus dominios. Se ahondaron al retorno cuando encontró la capital inca sitiada y Almagro aprovechó la debilidad de los Pizarro para afianzar su posición lo cual provocó que se organizaran dos bandos enfrentados en varias batallas entre las que destacan algunas. Una de ellas es la de Abancay (12 de julio de 1537) donde se enfrentaron los partidarios de Pizarro y Alonso de Alvarado con los de Almagro, Rodrigo de Orgóñez y Paullu Inca. En esta batalla, los almagristas salieron vencedores. En abril del año siguiente, un nuevo enfrentamiento tuvo lugar en las Salinas, a 5 kilómetros al sur del Cusco. Por el lado de los Pizarro comandaba Hernando pues su hermano Francisco se hallaba enfermo en Lima. Mientras los Pizarro contaban con 700 hombres, Almagro tenía alrededor de 500 de los cuales la mitad eran de caballería. También apoyaban sendas huestes de indígenas entre las cuales unos 5.000 cusqueños encabezados por Paullu apoyaban a Almagro y un número menor de chachapoyas a Pizarro. Los cusqueños estaban a punto de vencer a los chachapoyas cuando recibieron el apoyo de la caballería de Hernando Pizarro. En una batalla que duró dos horas, Orgóñez perdió la vida y Diego de Almagro fue capturado y luego ejecutado con la pena del garrote.

Tras la muerte de Almagro, los de su bando quedaron excluidos de todos los cargos y se hundieron en la miseria: se contaba que tenían una sola capa que se prestaban por turnos para salir a la calle. El hijo mestizo de Almagro conocido como Almagro el Mozo, de 22 años, ahijado de Francisco Pizarro, reclamó la sucesión de los dominios de su padre y se rumoreaba que planeaba una conspiración. En la recién nacida Lima, a medio día de un domingo de junio de 1541 se escuchó bulla en la casa de Pizarro: eran los “chilenos” es decir los partidarios de Almagro que habían ido con él hasta Chile.

Pizarro, su hermano y su paje se pusieron sus corazas y lograron matar a dos atacantes pero éstos, superiores en número, consiguieron su propósito. Pizarro murió poco después, el 24 de junio de 1541. Su casa fue saqueada y los cadáveres quedaron en la sala sin que nadie se atreviera a ingresar. En la noche la esposa de Alcántara, un partidario de Pizzaro que también murió, recogió los cadáveres.

La cabeza visible de los almagristas era Almagro el Mozo que, tras la muerte de Francisco Pizarro, fue proclamado como gobernador en junio de 1541, pero a fines de ese año se anunció la inminente llegada de un enviado del rey. Efectivamente, con el fin de investigar las causas de la guerra civil que reinaba en estos territorios por la muerte de Diego de Almagro y otros muchos desórdenes entre los conquistadores, el emperador Carlos V envió al Perú a Cristóbal Vaca de Castro como juez pesquisidor. Él podía reemplazar al marqués, gobernador Francisco Pizarro, en caso de fallecimiento. Para darle mayor categoría, el emperador lo invistió con el hábito de la Orden de Santiago y lo incorporó al Real y Supremo Consejo de Castilla. Zarpó de San Lúcar de Barrameda el 5 de noviembre de 1540 con una escuadra de 17 navíos. Luego de una penosa travesía, se dirigió hacia el Perú en marzo de 1541.

Ante el anuncio de su llegada, los almagristas abandonaron Lima dirigiéndose a la sierra donde organizaron la resistencia contra Vaca de Castro. Pasaron por Jauja y Huamanga intentando contactar a Manco Inca para conseguir su apoyo; llegaron finalmente al Cusco donde Almagro fue recibido apoteósicamente. Aquello no impidió que dentro de su grupo hubiera divisiones internas. Mientras tanto, Vaca de Castro recién llegaba a Lima en agosto de 1542 de donde partió lentamente hacia Huamanga. Almagro salió a su encuentro recogiendo en el trayecto información sobre el enemigo por medio de los chasquis de Manco Inca de quien recibió alguna ayuda en armas. Además, la gente de Manco atacaba en forma esporádica a los chachapoyas que apoyaban al ejército realista, lo que indica que había un acuerdo entre Manco, Paullu y Almagro. Aunque Almagro intentaba negociar con Vaca de Castro la entrega de Nueva Toledo como herencia de su padre, no lo consiguió y no encontró más salida que el enfrentamiento.

Vaca de Castro no quiso quedarse en las cercanías de Huamanga porque el terreno quebrado era poco práctico para la caballería y avanzó hasta Chupas donde se enfrentaron monarquistas contra insurrectos. Paullu Inca se lanzó contra Vaca de Castro pero el ejército realista venció a Almagro el Mozo y sus aliados el 16 de septiembre de 1542. Los almagristas en desbandada huyeron por donde pudieron, llegando algunos hasta la selva donde se encontraba Manco Inca. Con esta victoria se cierra esta etapa con el proyecto realista victorioso y con las Leyes Nuevas bajo el brazo, leyes que quitaban privilegios a los conquistadores. Esta coyuntura dio lugar a una nueva fase, conocida como “la rebelión de los encomenderos” contra las fuerzas realistas (1544-1548).