Segunda entrada y gran rebelión - Enfrentamiento en el Desaguadero

En 1538, dos años después de la gran ofensiva para tomar el Cusco, comenzó la segunda gran rebelión siendo la batalla más importante de esta etapa la del Desaguadero. El puente de “balsas de enea” (totora) había sido destruido por los indios para que ni los españoles ni los miles de indios de Hatuncolla que venían con Paullu cruzaran el río. Furiosos flecheros y honderos obstruyeron el paso de los españoles que iban a caballo con sus pesadas armas. Allí fue capturado un español que fue sacrificado en un adoratorio que pudo haber sido Tiwanaku. El primer intento de cruzar el Desaguadero fue, por tanto, desastroso para los españoles: murieron ocho jinetes más sus caballos y los otros no pudieron cruzar el río. Finalmente, haciendo unas enormes balsas que llevaban hasta 40 hombres, lo que habría sido una iniciativa de Paullu, consiguieron pasar el río y a pesar que la pelea continuó unas horas más, una vez que los españoles montaron sus caballos, la batalla estaba ganada. Los indios vencidos huyeron entrando unos a la laguna y otros a sus tierras. Este enfrentamiento ha sido considerado como una de las treinta batallas más importantes de la invasión española (Temple, 1940; Hemming, 1971; Vega, 1980; Platt, Bouysse-Cassagne y Harris, 2006).

Hernando Pizarro apresó a mucha gente e hizo gran escarmiento; persiguió a los jefes, capturó a Quintiraura de los pacajes y quemó su poblado. Seguramente Quintiraura fue quemado en un galpón junto con muchas otras autoridades. A pesar de la matanza, hubo gente rebelde que se fue hacia el sur hasta los Charcas, obstruyendo la entrada de los españoles a esta región.